Неймар родился в семье торговца ювелирными изделиями Неймара Сантоса и Надин Сантос, позже родилась его сестра, которую назвали Рафаэла. Неймар — воспитанник клуба «Сантос», куда попал в 1999 году. Уже в самом юном возрасте, не дебютировав даже в основном составе клуба, он привлёк к себе внимание самых разнообразных европейских клубов, включая «Манчестер Сити», «Барселону», «Реал Мадрид», «Арсенал», «Челси» и «Милан», которые с помощью скаутов наблюдали за его игрой в «Копинье», молодёжном первенстве Сан-Паулу, в котором нападающий произвёл фурор, получив прозвище «Новый Робиньо», благодаря манере дриблинга, схожей со знаменитым форвардом. В возрасте 12-ти лет он даже уехал в академию «Реала», но из-за тоски по родине вернулся обратно в Бразилию. По другой же версии «Сантос», где форвард оказался годом ранее, заплатил семье игрока 1 млн реалов, чтобы тот остался в академии клуба, где тренировался под руководством Лимы, известного игрока 1960-х годов. Прославился Неймар и игрой за сборную до 15 лет на южноамериканском чемпионате.